海上台风将至，临海市却十分平静，在这美丽的滨海城市里，隐藏着一个神秘感的走私巨头“神仙”，他控制了临海市的所有走私活动，操纵着临海市的毒品市场，并用贩毒、走私所得的黑钱，与国际金融寡头合作在亚洲操纵股市。
市明星企业绿色农场老总汪克恩的弟弟汪克祥，利用他哥哥的农场，长年走私，操纵着一个大的走私集团，但也不例外受“神仙”的控制。
一个早已安排在走私集团内部的线人，在报告走私油轮进海线路时，被杀害在公用电话亭，缉私失败，海警支队一片混乱。此时，网从海军学院毕业的方舟前来报到，却被任命为1120缉私艇的艇长，心里极不是滋味，但由于受到缉私艇艇员的轻视，决心要干出个样子。
方舟首战告捷，一举缉获了溜进内海的走私油轮，令以汪克祥为首的走私集团大乱，涉嫌协助走私的临海市海关刘关长畏罪自杀，汪克祥为逃避“神仙”的责难，竟与另一黑社会头目“金鱼”合作，黑吃黑，半途劫走一批正要进内海的大麻，却没想到这批大麻的主人竟是“神仙”。
以上仅仅是故事的开头，方舟与“神仙”真正的较量才开始拉开序幕……
